On sait que tout au long de son existence, ce monastère a subi une série de modifications qui lui ont fait perdre une grande partie de sa splendeur originelle; Cependant, depuis 2010, des projets ont été lancés visant à redonner à cet établissement sa richesse initiale; C’est aussi ce projet qui a permis l’ouverture au public de l’ancien cloître en qualité de musée, permettant ainsi aux paroissiens de connaître l’importante collection d’œuvres d’art religieux qu’il abrite, ainsi que sa riche architecture.
L’une des raisons pour lesquelles le monastère a ouvert ses portes en tant que musée était la nécessité d’acquérir un revenu supplémentaire, ce qui permettrait de le reconstruire, après le tremblement désastreux qui a éclaté en 2001, dans cette région du pays. Le musée actuel,est composé de 12 salles d’exposition, dont 2 sont: le choeur inférieur et la salle capitulaire.
Les dix autres salles du complexe ont été modifiées pour pouvoir y montrer les différents thèmes; Ces salles sont: « La Orden del Carmen », qui permet de connaître les représentants et une partie de l’histoire de cet ordre; Salle « Noël »; Salle « La Orfebrería Colonial », composée d’un nombre important de pièces d’orfèvrerie de cette période; « Passion »; « La Sainte Vierge »; « Les Saints de l’Église »; et le « Monastère de Carmen de Arequipa ».